home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / epi601_2.zip / FILES07.EXE / CASECON1.PGM < prev    next >
Text File  |  1994-08-22  |  5KB  |  111 lines
  1. ECHO         The program (CASECON6.PGM) that just ran does a lot of
  2. ECHO         setting up of variables so that you can process them, but
  3. ECHO         it does not actually produce output.  You can now give
  4. ECHO         other commands like TABLES and MEANS from the keyboard to
  5. ECHO         explore the relationships.
  6. ECHO
  7. ECHO         If you would like a printed copy of the results,
  8. ECHO         type ROUTE PRINTER  or press <F5> now. Otherwise, press <Enter>.
  9. ECHO         ?Epi> ?
  10. ECHO
  11. ECHO         To display or print the contents of CASECON.PGM, use
  12. ECHO         TYPE CASECON.PGM  (press <Enter> to skip).
  13. ?Epi> ?
  14. ECHO         You will want to check the results of CASECON.PGM by
  15. ECHO         LISTing selected variables for cases and controls.
  16. ECHO         It is easier to see the results if you sort them first.
  17. ECHO         Type SORT GROUP IDNUMBER
  18. ?Epi> ?
  19. ECHO         We will do LIST GROUP CLAMS CLAMSOUP ANYCLAMS for you.
  20. ECHO         Press <Enter>
  21. ?Epi> ?
  22. LIST GROUP CLAMS CLAMSOUP ANYCLAMS
  23.  
  24. ECHO         How comparable are the two groups?  You might compare them
  25. ECHO         with respect to AGE and WEIGHT, two continuous variables,  as
  26. ECHO         follows:
  27. ECHO
  28. ECHO         EPI>MEANS AGE GROUP
  29. ECHO         EPI>MEANS WEIGHT GROUP
  30. ECHO         Here are the results:
  31. MEANS AGE GROUP
  32. MEANS WEIGHT GROUP
  33. cls
  34. ECHO         Now comes the exciting part--comparing the cases and controls
  35. ECHO         with respect to food consumption:
  36. ECHO
  37. ECHO         Type TABLES  < a food variable>)  GROUP
  38. ECHO         To see the names of the food variables, press <F3>
  39. ?Epi> ?
  40. ECHO
  41. ECHO         Now do TABLES CLAMS GROUP
  42. ?Epi> ?
  43. ECHO         How about that for an odds ratio??!!!!!
  44. ECHO
  45. ECHO         <Enter to continue...>
  46. ?Epi> ?
  47. cls
  48. ECHO
  49. ECHO         So far you have obtained some very large odds ratios for
  50. ECHO         CLAMS and CLAMSOUP, but if something toxic is contained in
  51. ECHO         the clams, the appropriate tabulation would be for
  52. ECHO         consumption of any kind of clams.  We have set up a variable
  53. ECHO         in CASECON.PGM called ANYCLAMS, which is "+" if either CLAMS
  54. ECHO         or CLAMSOUP is "Y".  The "+" is used instead of "Y" because
  55. ECHO         "+" comes before "-" in the computer's alphabet, and "Y" does
  56. ECHO         not come before "N."  This sets up the order of things in the
  57. ECHO         tables so that they follow conventional epidemiologic format
  58. ECHO         with both risk factor and disease presence in the upper left
  59. ECHO         corner and their absence in the lower right corner of the
  60. ECHO         table.
  61. ECHO
  62. ECHO         Now let's make tables of the defined variables:
  63. ECHO
  64. ECHO         EPI>TABLES ANYCLAMS GROUP
  65. ECHO         EPI>TABLES ANYLOBSTER GROUP
  66. ECHO
  67. TABLES ANYCLAMS GROUP
  68. TABLES ANYLOBSTER GROUP
  69. ECHO
  70. ECHO         The odds ratio of over 400 obtained for ANYCLAMS is truly
  71. ECHO         astronomical when compared with the odds ratios of 2 or 3,
  72. ECHO         that can be of significance in chronic disease studies.  The
  73. ECHO         relative risks given for each table should be ignored because
  74. ECHO         this is a case-control study, and the size of the exposed
  75. ECHO         population is not known.  Can you think of any reason why
  76. ECHO         the odds ratios for some foods show negative ("protective")
  77. ECHO         associations, having odds ratios less than one?
  78.              <Enter> to continue..
  79. ?<Epi> ?
  80. cls
  81. ECHO         Despite the striking results obtained so far, we should look
  82. ECHO         for explanations other than the simple hypothesis of a clam-
  83. ECHO         associated toxin or microorganism.  Perhaps water consumption
  84. ECHO         is linked either positively or negatively to clam soup
  85. ECHO         consumption, and also to disease incidence.  Water
  86. ECHO         consumption would then be a confounding factor.  We can test
  87. ECHO         for confounding in the analysis by stratifying on WATER, that
  88. ECHO         is, by making separate tables for water consumers and
  89. ECHO         nonconsumers and by combining the results in a special way
  90. ECHO         called the Mantel-Haenszel stratified analysis.  To do this
  91. ECHO         for CLAMSOUP, you would type:
  92. ECHO
  93. ECHO           EPI>TABLES CLAMSOUP GROUP WATER   Press <Enter> to do it
  94. ?Epi> ?
  95. CLS TABLES CLAMSOUP GROUP WATER
  96. ECHO
  97. ECHO
  98. ECHO         Try the same approach with other possible confounders until
  99. ECHO         you are satisfied that the analysis is sound.  By stratifying
  100. ECHO         on a variable, we eliminate the effect of confounding by that
  101. ECHO         variable.  The approach is only valid, however, if the odds
  102. ECHO         ratios in individual strata are similar in value.  If the p-
  103. ECHO         value of the chi square test for interaction is less than 0.05,
  104. ECHO         this indicates a significant difference between Odds ratios in
  105. ECHO         different strata so that the Mantel-Haenszel summary odds ratio
  106. ECHO         should be interpreted cautiously.
  107. ECHO
  108. ECHO         You are on your own now with this wealth of variables.  When
  109. ECHO         done, press <F10> to return to the EPI6 menu.
  110. ECHO
  111.